Les conquistadores présentent les indiens comme des païens sauvages, cruels voire cannibales pour justifier le pillage des trésors et le travail forcé dans les encomiendas ou dans les mines d’argent comme celle de Potosi dans l’actuelle Bolivie. Les conquistadors s’appuient sur les structures existantes des empires précolombiens. Ils emploient la noblesse indienne pour encadrer le travail ou réactivent la mita, corvée de travail due à l’Inca.

Progressivement plusieurs auteurs dénoncent les traitements brutaux qui sont infligés aux Amérindiens, notamment le dominicain Bartolomé de Las Casas,. La controverse de Valladolid (1550‑1551) conclut que les Indiens ont une âme, sont donc humains et doivent être traités comme tels par les colons européens. La décision du pape justifie malheureusement aussi, implicitement, l’esclavage des noirs africains.